本籍とは戸籍を管理する為のものです。つまり現住所がどこであろうとも、本籍地のある市町村がその戸籍を管理しているということです。 戸籍謄本や抄本は、現住所ではなく本籍地のある市役所・町村役場で発行してもらう必要があります。
　本籍地は（戸籍上の家族単位であれば）届出により自由に変更でき、日本国内の地番のある場所ならどこでもかまいません。例えば皇居のある千代田区千代田１番地を本籍地にしている人が多いのは有名です。

　 本籍が必要になるというのは、逆に、日本では、「戸籍」というものによって、各個人の存在を承認しているからです。
　本来的には、自分の出生場所、父、母の名前などは、本人が熟知しているから、何の必要性もないのですが、こんな例を考えてみました。

　「Ａ子さんとＢ夫さんが結婚をすることになった。Ａ子さんは、Ｂ夫さんより５歳年上だ、とＢ夫さんに言われていた。しかし、頭髪に混じる白髪や額のしわなど、どうも同年代くらいにしか思えない。結婚前にしっかり、Ｂ夫さんの年齢や出身地、両親のことなど知りたい、と思った」
　すると、日本の戸籍制度が、力を発揮するのです。単に住民票では、年齢と現在の前に居た場所くらいしかわかりませんが、「本籍」を記載しているこ とによって、出生から、Ｂ夫さんの「出自」を辿ることが出来るようになります。再婚か否かを含め。

　ですから、本籍は、どこに移そうが自由ですが、日本国に居る限りは、ここを拠点として、私たちは、自分の出自について、文書によって証明をされている、ということになるのです。
　出自を明らかにする、ということは、「個々人の差別」をも明らかにする、という問題点を含んでいる、とも言えますが、これにより、遺産相続、重婚などの阻止に十分力を発揮もするのです。

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　 今でこそ、利便性を考えて、戸籍謄本、戸籍抄本、住民票や印鑑証明は、居住地の役所で簡単に取れます。しかし、厳密には、そのような書類は、戸籍のある場所（本 籍）に有るはずのものだったのです。
　つまり、戸籍の存在するところ、これが「本籍」なのです。
　今では、上記のように本籍があまり意味することもなくなりました。また何処の住 所を本籍に出来ます。

　したがって、ここからは私見なのですが、ある程度長い間、その場所に居住するのであれば、利便性などを考えて、居住地（現住所）と同じところを本籍にしたほうがいいのではないでしょうか。
　但し、こだわる人もいて、従来（昔々）、その場所がどういう目的で使われていたかということにこだわり、本籍地を、簡単に変えない人もいるのは確かです。

　 日本では戸籍はどこかで一括管理するのではなく、各市町村役場で分散管理されています。
　本籍というのは、その人の戸籍が置かれている場所という意味で、どこの役場で管理されているかという以上の意味はありません。 本籍に住んでいる必要もまったくなく、所番地のあるところなら何処にでも本籍を置けます。

　日本で一番多くの人が本籍地を置いているのは、皇居だそうです。 戸籍が必要になるのは、結婚の時とか、就職の時など、ごく限られた場合だけですから、そうゆう時に不都合がなければ引越しで本籍を移動する必要はまったくないと思います。住民票は移さないといけませんが。

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　本籍とは「戸籍の所在地」を指しますが、「一つの夫婦及びこれと氏を同じくする子」を基本単位とする戸籍は、本籍を定めた各々の市区町村にて大字・町名等とその地番号の順に編纂されていますので、戸籍簿の第一列上段「本籍」欄と下段「(筆頭者)氏名」は特定個人の戸籍を検索する上で不可欠の事項となっています。
(尚、市区町村によりバラツキは有りますが、戸籍簿の磁気ディスクへのコンピュータ化が現在進行中です。)

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　「本籍って何のためにあるの？」＝戸籍の存在理由って事になりますが、戸籍は人の出生から死亡に至るまでの親族的身分関係を登録・公証するもので、日本国民について編制され、日本国籍をも公証する唯一の制度です。
　「本籍・(筆頭者)氏名」の戸籍の表示以外の戸籍個人事項としては、「氏名・出生年月日・入籍原因年月日・実父母氏名続柄・(養親氏名続柄)・夫婦の別・他戸籍からの入籍者はその戸籍の表示」等を基本として「入籍」「分籍」「転籍」「就籍」「認知」「養子縁組・養子離縁」「婚姻・離婚」「復氏」「氏名変更」「推定相続人の廃除・廃除取消」「死亡」「姻族関係終了」「帰化・国籍取得・国籍喪失・国籍選択宣言」等が原則として届出に基づいて記載されています。

　国家資格・各種免許の登録・取得、パスポート申請、婚姻時など限られた場面以外には戸籍謄抄本を必要とする機会は有りませんが、特定個人の存在の有無・日本国籍・年齢・親族的身分関係を証明する基本となる役割を担っています。 例えば相続などのケースでは、被相続人の死亡時点の戸籍簿(戸籍謄本)の記載を手掛かりに、婚姻等で出ていった子の最新の戸籍を追いかけたり、逆に被相続人の婚姻前或いは転籍前等の全ての戸籍簿・除籍簿(除籍謄本・改製原戸籍謄本)等を順番に過去に遡って追いかける必要があったりします。
　これは、被相続人の法定相続人の全てを把握するために必要な作業ですが、それらを集めて初めて異父又は異母兄弟姉妹の存在が発覚するなんてケースも有ります。

　とここまでの説明では、住所地と本籍地の市区町村が別々で有ることの回答にはなっていませんね。

　現行法制下では住所(住民基本台帳法)と本籍(戸籍法)とは分離・独立していますが、旧民法下の明治時代当初は、家、本家・墳墓の地・本籍地の三者は密接不可分の関係にあって家父長制の象徴たる戸主を代表とする一族郎党(戸主、隠居の父、母、戸主の妻・子、伯父・叔父、伯父・叔父の妻、従兄弟姉妹など)が一つの戸籍に入っていて、それが唯一の登録制度で、例外的に９０日以上本籍以外の一定の場所に住所・居所を持つ場合に限って届出(寄留)の必要があったに過ぎませんでした。

　やがて資本主義の進展に伴い人口の流動化が進行し、又徴兵制度・配給制度等からの要請、新民法などの変遷の中で住所地での登録の必要性が生じ寄留法(1914年)→住民登録法(1951� ��)→住民基本台帳法(1967年)と 移行する流れの中で本籍地と住所地が分離・独立してきた沿革が有ります。

　嘗ては本籍地を定めるには一定の制約が有りましたが、自由になった現在では住所地に合わせる人、実家等従来の本籍地のままの人、皇居或いは東京ディズニーランドの所在地に本籍を置く人とまちまちですが、戸籍謄抄本等が必要となる場合は事前に分かっているケースが多く郵送での請求も可能な訳ですから、何処か気に入った本籍地を定めれば後は転籍の必要は無いような気もします。仮に相続等で過去に遡っての除籍簿(除籍謄本)が必要となった場合には、本籍の転籍を繰り返した分の全てをそれぞれの市区町村から取り寄せる煩わしさが生じる事も有り得る訳ですからね。

　本籍はあらゆる面で何の意味もないそうです。極端な話、「皇居」「国会議事堂」のように、普通の人はどう考えても住む可能性がない場所であっても、ごく普通に受理されます。そこに建物が建ってなくても、他人の土地でも、まったく行ったことがない知らない所でもかまわないのです。婚姻すると親とは別の新戸籍が作られます。

　本籍を変えていないから今までの戸籍（親の戸籍）の中に入っていると錯覚している方がいますが、１つの戸籍には１つの夫婦しか入れませんの。夫になる人は、親の戸籍から抜けて夫婦だけで新しい戸籍を作ることになりますので、その本籍地が親の本籍地と同じということだけで、戸籍自体は完全に別な違う戸籍になっています。
元市民課職員の危ない話ＨＰより「誰も教えてくれない戸籍の話」より抜粋

　 本籍は日本国民としての証明と捉えています。どこに本籍を置くか迷っておいでのようですが、どこでもいいんです。極端な話、皇居でも、国会議事堂でもいいことになっています。 でも、いろんな書類に本籍を書かなければならないことが多いので、その時に思い出せるよう身近な所においておくのがいいと思いますよ。私は結婚前にはほとんどすんだことのない父の実家に本籍があり、自力でその住所を書き込むことができずに、ほんと苦労しました。

　本籍は戸籍を管理する場所みたいなもんで戸籍謄本とかもそこで取るみたいです。 なんか皇居においてる人もいるみたいですけどね。 まあ旧民法の名残みたいなもんです。